Indagini molecolari sui genotipi di Mycobacterium tuberculosis al basale e seguenti

BMC Infectious Diseases volume 23, numero articolo: 566 (2023) Citare questo articolo

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L’epidemia di tubercolosi (TBC) rimane un grave problema sanitario globale e lo Swaziland non è escluso. Il nostro studio ha studiato i genotipi circolanti in Eswatini e li ha confrontati al basale (inizio del trattamento) e al follow-up durante il trattamento della tubercolosi.

Trecentonovanta (n = 390) partecipanti sono stati arruolati in modo prospettico da cliniche di riferimento e i pazienti che soddisfacevano i criteri di inclusione sono stati inclusi nello studio. Un totale di 103 partecipanti hanno fornito campioni al basale e al follow-up entro sei mesi. I ceppi di Mycobacterium tuberculosis (M.tb) sono stati rilevati mediante il test GeneXpert® MTB/RIF (Cephied, USA) e la microscopia Ziehl-Neelsen (ZN) rispettivamente al basale e ai punti temporali di follow-up. I 206 campioni raccolti sono stati decontaminati e coltivati ​​sul sistema di coltura per micobatteri BACTEC™ MGIT™ 960 (Becton Dickinson, USA). I test di sensibilità ai farmaci sono stati eseguiti sia al basale che al follow-up. La spoligotipizzazione è stata eseguita sia sui ceppi di riferimento che su quelli di follow-up dopo l'estrazione del DNA.

La resistenza ad almeno un farmaco di prima linea è stata rilevata più elevata al basale rispetto ai campioni di follow-up e la maggior parte di essi si è sviluppata in una tubercolosi multiresistente ai farmaci (MDR). Sono stati rilevati un totale di quattro lignaggi e venti genotipi. La distribuzione dei lignaggi variava tra le diverse regioni dell'Eswatini. Il ceppo euroamericano era il più diffuso con il 46,12% (95/206) seguito da quello dell'Asia orientale con il 24,27% (50/206); Indo-oceanico al 9,71% (20/206) e centroasiatico all'1,94% (4/206). Inoltre, è stata rilevata un'elevata percentuale del genotipo Pechino al 24,27% (50/206) e del genotipo S al 16,50% (34/206). Il genotipo Beijing era predominante nei campioni di follow-up raccolti dalla regione di Manzini con il 48,9% (23/47) (p = 0,001). Una percentuale significativa di campioni di follow-up ha sviluppato MDR-TB (p = 0,001) con Beijing che è stato il genotipo principale nella maggior parte dei campioni di follow-up (p < 0,000).

L'Eswatini ha un'elevata diversità genotipica di M.tb. Una percentuale significativa dei partecipanti infetti da tubercolosi aveva il genotipo Beijing associato alla MDR-TB nei campioni di follow-up e quindi indicava una trasmissione a livello comunitario.

Rapporti di peer review

La tubercolosi (TBC) rimane un grave problema sanitario globale responsabile di problemi di salute tra milioni di persone ogni anno [1]. Nel Regno di Eswatini, i tassi di notifica e di incidenza della tubercolosi sono diminuiti costantemente negli ultimi dieci anni, da un picco di incidenza di 1.190 per 100.000 popolazioni nel 2009 a un basso tasso di incidenza di 329 per 100.000 popolazioni nel 2018 [2]. Le notifiche di tubercolosi resistente ai farmaci (DR-TB) rispecchiavano quelle di tubercolosi sensibile ai farmaci per lo stesso periodo; tuttavia, fino a tempi recenti, la DR-TB non è stata adeguatamente monitorata dalla maggior parte dei programmi contro la tubercolosi nella regione dell’Africa sub-sahariana [3]. La percentuale di persone che hanno sviluppato la DR-TB durante il trattamento, comprese quelle con tubercolosi multiresistente ai farmaci (MDR-TB), è aumentata nel corso degli anni in Swaziland. È importante stabilire se la resistenza è dovuta a un'elevata trasmissione comunitaria o insorge denovo a causa di un trattamento inadeguato o è dovuta a entrambi. La MDR-TB, definita come resistenza almeno ai farmaci isoniazide (INH) e rifampicina (RIF) utilizzati per trattare le malattie della tubercolosi, è più difficile da diagnosticare, trattare ed è associata a esiti sfavorevoli [4]. Inoltre, la DR-TB non solo è indicativa del fallimento dei pazienti e dei programmi antitubercolari, ma è anche più costosa per entrambi [5]. Lo Swaziland è impegnato a porre fine alla tubercolosi e l'allora Primo Ministro ha dichiarato la malattia un'emergenza nazionale già nel 2011 [6]. Lo studio mira a caratterizzare i genotipi di Mycobacterium tuberculosis (M.tb) raccolti da pazienti di routine trattati in quattro principali centri regionali nel Regno di Eswatini.

I laboratori clinici Eswatini utilizzano la microscopia dello striscio dell'espettorato e il test GeneXpert® MTB/RIF (Cephied, USA) per la diagnosi di tubercolosi in pazienti presunti. Inoltre, la sensibilità della coltura e del farmaco dei campioni di TBC rilevati viene determinata utilizzando l'agar a strato sottile, i metodi del sistema Löwenstein-Jensen e Bactec MGIT™ TB. È importante che il rilevamento del ceppo M.tb venga identificato per strategie efficaci di controllo della tubercolosi. La genotipizzazione dei genotipi di TBC circolanti aiuterà a comprendere l'epidemiologia molecolare e i modelli di trasmissione. Sono documentati i progressi nelle tecniche epidemiologiche molecolari che sono stati segnalati per espandere la capacità di indagare e comprendere l'epidemia di tubercolosi [7]. Lo spoligotyping rimane il metodo economicamente vantaggioso nelle regioni con risorse limitate con dati condivisi in un database internazionale. In particolare, le tecniche molecolari di genotipizzazione non sono convenzionalmente utilizzate in contesti con risorse limitate come in Eswatini.